Θέμα 10: Μεταγονιδιωματική Ανάλυση Μικροβιακών κοινοτήτων σε Περιβαλλοντικά Δείγματα με 16S rRNA

Επιβλέπων: Γκολφινόπουλος Σπυρίδων

Συνοπτική Περιγραφή Έρευνας και Απαιτήσεων: Το συγκεκριμένο ερευνητικό μεταπτυχιακό αντικείμενο του προγράμματος ΜΕΔΜΟΔΕ του ΤΜΟΔ εστιάζει στην απομόνωση και στον ποιοτικό/ποσοτικό έλεγχο γονιδιωματικού DNA κατάλληλου για αλληλούχιση, σε περιβαλλοντικά δείγματα (ύδατα, λύματα, ιζήματα) από θέσεις με διαφορετικά οικολογικά ή επιδημιολογικά χαρακτηριστικά. Για την επίτευξη αυτού του στόχου, θα χρησιμοποιηθούν προηγμένες μοριακές μέθοδοι, όπως η αλληλούχιση νέας γενιάς (Next-Generation Sequencing, NGS) και ιδιαίτερα η αλληλούχιση αμπλικόνων της 16S rRNA περιοχής. Στόχος της έρευνας είναι ο εντοπισμός δυνητικών παθογόνων μικροοργανισμών και η συσχέτισή τους με περιβαλλοντικές παραμέτρους. Η μεθοδολογία αυτή παρέχει ολοκληρωμένο μεταγονιδιωματικό προφίλ των περιβαλλοντικών μικροβιακών κοινοτήτων, εντοπίζει δυνητικούς παθογόνους μικροοργανισμούς με σημασία για τη δημόσια υγεία, υποστηρίζει την περιβαλλοντική επιτήρηση μέσω υψηλής ευκρίνειας ανάλυσης και προσφέρει εργαστηριακά επικυρωμένο πρωτόκολλο για μελλοντικές μελέτες. Στο πλαίσιο της έρευνας,  στο πρώτο δίμηνο, η φοιτήτρια/ο φοιτητής θα οριοθετήσει και θα αναπτύξει  το θεωρητικό υπόβαθρο της έρευνας και ως το τέλος του 1^ου εξαμήνου το θέμα θα έχει αναπτυχθεί σε ικανοποιητικό βαθμό, ώστε να ακολουθήσει η πρώτη έκθεση/ παρουσίαση προόδου (επί της οποίας θα βαθμολογηθεί). Στη συνέχεια θα δημοσιευτούν τα αποτελέσματα της έρευνας, σε συνεννόηση με τον επιβλέποντα και θα ολοκληρωθούν εντός του 2^ου εξαμήνου, σε συνέδρια του χώρου. Στο τέλος του 2^ου εξαμήνου θα υπάρχουν τα πρώτα αποτελέσματα (αποφάσεις αποδοχής) και αναμένεται να έχουν ολοκληρωθεί και οι παρουσιάσεις/ δημοσιεύσεις ώστε να γίνει η 2^η έκθεση/ παρουσίαση προόδου (η οποία επίσης θα βαθμολογηθεί κατά τα ισχύοντα στο πρόγραμμα). Θα ακολουθήσει η συγγραφή της τελικής μεταπτυχιακής εργασίας και η υποστήριξή της ενώπιον της επιτροπής κατά το 3^ο εξάμηνο. Σε περίπτωση καθυστέρησης στην ολοκλήρωση των δημοσιεύσεων στα προτεινόμενα συνέδρια, θα επιδιωχθεί δημοσίευση σε περιοδικό ή κεφάλαιο σε βιβλίο κατά το φθινόπωρο - χειμώνα 2026. Η ποιότητα των δημοσιεύσεων θα συνυπολογίζεται στον τελικό βαθμό επίδοσης του φοιτητή.

Ο/Η φοιτητής/τρια θα πραγματοποιεί την έρευνά του και παράλληλα θα έχει τη δυνατότητα να παρακολουθεί ένα μάθημα ανά εξάμηνο κατόπιν εισήγησης της τριμελούς επιτροπής. Τα προτεινόμενα μαθήματα είναι:

• Διοίκηση και Στρατηγική για Μηχανικούς (Α’ εξάμηνο)
• Διοίκηση έργων και Διαχείριση Κινδύνων (Β’ εξάμηνο)